Amerigo Vespucci kwam in 1499 als eerste Europeaan op Bonaire aan. Al lange tijd waren het de indianen die op het eiland leefden. Nu nog zijn er vooral in het noordelijk gedeelte van het eiland de inscripties te zien in de rotsen. In 1527 stichtten de Spanjaarden een kolonie en verbleven daar meer dan 100 jaar. In 1636 kwamen de Nederlanders op Curaçao aan om als basis te dienen om een oorlog tegen de Spanjaarden te beginnen. Al gauw bezetten de Nederlanders de andere eilanden in de buurt en in 1636 werd Bonaire een Nederlandse kolonie. In 1639 werd een economisch programma opgesteld voor zout, graan en veefokkerijen. Uiteindelijk werd de winning van zout de grootste vorm van inkomsten. Om deze zoutpannen te kunnen bemannen, werden honderden slaven vanuit Afrika naar Bonaire gebracht. Tussen 1800 en 1816 werd het eiland door Franse en Engelse piraten bezet maar in 1816 kwam Bonaire weer in Nederlandse handen terecht en bloeide de economie weer op: zoutpannen, aloë- en houtplantages.

Nadat in 1863 de slavernij werd afgeschaft, werd Bonaire door de slechte economie verkocht. Door een economische recessie gingen de Bonairianen naar de buureilanden Curaçao en Aruba verhuizen waar ze werk vonden in de olie-industrie. Deze industrie is op Curaçao nog steeds van grote betekenis. De olieraffinaderij op Curaçao behoort tot één van de grootste ter wereld. In de jaren '50 raakten steeds meer Bonairianen in de olie-industrie werkloos en vertrokken weer naar Bonaire.

Gelukkig kwam hierna het toerisme op gang en werd de schoonheid van dit Caribische eiland ontdekt. In 1951 werd het eerste hotel geopend en werd het toerisme de belangrijkste vorm van inkomsten. Ondanks de stijging van het aantal toeristen, wordt het aantal toeristen in toom gehouden ter bescherming van het eiland.

Bonaire was de eerste van de Antillen om het eiland en de zee en in het Nationale Park de roze flamingo's te beschermen. In 1964 begon de Christelijke radiozender Trans World Radio uitzendingen te verzorgen waarbij de uitzendingen in het gehele westelijk halfrond zijn te ontvangen (Midden-Oosten, Noord-Afrika en zelfs in voormalig Oost-Europa. Kort daarop, in 1969 startte Radio Nederland Wereldomroep  nieuwsuitzendingen op de korte golf. Op Bonaire zijn vlakbij het Washington / Slagbaai National Park de grote antennes van de Wereldomroep te zien. De vijf antennes van Trans World Radio staan in het zuiden bij het Pekelmeer.